Nous ne sommes certains de la persistance de la Tache Rouge que depuis 1879, année où a commencé un suivi quotidien de ce phénomène. Il existait évidemment bien avant cette date, mais les premières observations restent éparpillées.
Il s'agit en fait d'un anticyclone, ce que l'on peut déduire de son sens de rotation (contraire aux aiguilles d'une montre dans l'hémisphère sud). Pour être clair, on ne sait pas pourquoi il est si persistant, ni même pourquoi il est rouge. Il résulte probablement de la fusion de plusieurs ovales blancs, des tourbillons plus petits et moins durables, et la grande taille de la Tache serait alors une clé de sa longévité. Dernièrement, l'ovale BA, fruit du rassemblement de trois ovales blancs en un seul, s'est coloré en rouge. L'événement est intéressant et doit pouvoir fournir quelques indices à propos de la Tache Rouge, mais ces indices sont restés rares et difficiles à interpréter.
Il doit également se passer toute une chimie en altitude (la Tache dépasse le plafond nuageux environnant de plusieurs kilomètres) qui produit des composés rougeâtres, vraisemblablement à base de soufre et/ou de phosphore. Ces composés n'ont pas été identifiés.